1941年的上海，日军特高课头目“乌鸦”在上海滩制造了多起惨案。为了实施斩首行动，国民党军统与中共地下党罕见联手，秘密培养了一支由十三名女性组成的特别行动队，代号“十三钗”。她们表面上是舞女、教师、护士、报馆记者，实则是精通格斗、爆破、密码和暗杀的全能特工。队长“牡丹”本是富家千金，家破人亡后加入；最小的“豆蔻”才16岁，是天生的炸弹天才。剧集采用单元剧加主线的形式，每一集讲述“一钗”的独特技能和加入队伍的故事，主线则是她们如何层层逼近“乌鸦”。但内部出现了叛徒，行动屡次失败。在一次重要的刺杀行动中，为了掩护同伴，“菊花”和“兰花”相继牺牲。最终剩下的“九钗”，在除夕夜的盛大舞会上，穿着旗袍，藏着手枪，与日军展开了一场绝命厮杀。行动成功了，但十三钗也几乎全军覆没，只剩下代号“种子”的最小成员，带着所有人的遗愿，走向了光明的未来。
堪称民国版“霹雳娇娃”，但气质完全不同。没有卖弄性感，只有肃杀与悲壮。每一位女角色的牺牲都拍得极为动容，她们不是战争的背景板，而是锋利的刀。动作戏干净利落，感情戏克制隐忍，是近年少有的优秀群像谍战剧。
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